Loes Hollestein

Erasmus MC

Het onderzoek van Loes Hollestein houdt in het kort het volgende in:

AI-Driven Exploration of the Melanoma Tumor Microenvironment in the Dutch Early Stage Melanoma (D-ESMEL) study

De ontwikkeling van afstandsmetastasen na een dun melanoom is zeer zeldzaam (1% van alle stadium IA melanomen). Om te kunnen onderzoeken welke van deze vroeg stadium melanomen uitzaaiingen veroorzaken, hebben we de Dutch Early Stage Melanoma Study (D-ESMEL) ontworpen. 

De D-ESMEL-studie bestaat uit twee datasets: een discovery dataset (om nieuwe voorspellers te kunnen vinden) en een dataset om de bevindingen te kunnen valideren. Van alle melanomen (>750) is klinische data, multi-omics (gen mutaties en gen expressie) en digitale beelden van de gehele tumor (histopathologische beelden en multiplex immunofluorescentie) beschikbaar. Met multiplex immunofluorescentie kun je verschillende cellen van het immuunsysteem zichtbaar maken.

In dit project zullen we de interacties tussen de tumor en cellen van het immuunsysteem onderzoeken met twee verschillende AI methoden. In de eerste methode zullen we eerst de tumor en immuuncellen van elkaar onderscheiden met AI. In de tweede methode doen we dit niet en gebruiken we een AI methode die zelf leert welke celtypen en interacties tussen cellen mogelijk voorspellend zijn voor het ontstaan van uitzaaiingen. Ten slotte worden de voorspellende interacties tussen tumor en immuuncellen samengevoegd met gegevens over genexpressie, genmutaties, klinische en histopathologische gegevens om één voorspelmodel te maken.